ちょうどu-bonさんのblogで解決方法が紹介されていたので実践してみた。
http://viva-ubuntu.net/?p=808
簡単に言えば、サーバは複数あるのでダメなら他のサーバを選んでやればいいってこと。基本的には、ntpのサーバみたいにネットワーク的に近いところを選ぶべきなんだろうけど、次の方法で自動で最適なサーバを見つけてくれるので、アップデートエラーになったりしたときには試してみるべき。
まず、パネルメニューから システム > システム管理 > ソフトウェアソースを開く。(software-properties-gtkが開く)
そして、ダウンロード元サーバを選ぶリストボックスで「その他」を選択。
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国別のサーバ一覧ウィンドウが出てくるので、ウィンドウ右上の「最適なサーバを探す」ボタンをクリック。

最適なサーバを検索中。。。

検索が終了すると、最適なサーバが選択された状態になっているので、右下の「サーバの選択」ボタンをクリックして終了。

これを行った後に、アップデートを実行するとすんなり完了した。
だが、試しにサーバを「メインサーバ」に戻して再度アップデートを実行すると別のパッケージの更新が落ちてきた。サーバによって最新のパッケージが同期されるまで時間差があるのか、たまたまタイミング良くパッケージが更新されたのか。。。
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